浄蓮寺は、はじめ薬王寺と号した。壬申(じんしん)の乱（６７２年）の折、この地に天武(てんむ)天皇の頓宮がおかれたところから「御館村(みたちむら)」と名づけられた由来がある。本堂
には現在も「天武天皇御尊儀(ごそんぎ)」が安置されており、創建期の由緒を伝えている。さらに山門前には「天武天皇御館舊跡」の碑が残されている。

本堂の棟札によると、開祖は天武天皇と記されており、朱鳥元年（６８６年）勅命により南都薬師寺の開祖称蓮(しょうれん)上人が刑部造(おさかべのみやっこ)の別荘に薬師如来（後述※）を安置して創始された。寺号は「薬王寺(やくおうじ)」を賜り、永代宝称延長の祈願所とされたのが起源となっている。　

現住職藤澤家の家系図によると、藤原氏の末裔で元は甲斐(かいの)国武田氏の家臣であった明斎(めいさい)僧都(そうず)（俗姓藤澤氏）が寛正６年（１４６５年）春、薬王寺第２１代法燈の職を継いだ。その後、応仁元年（１４６７年）８月には真宗本願寺蓮如(れんにょ)上人の教化によって、浄土真宗に改宗した。そのため明斎法師を真宗帰入の開祖とし、当山中興の開基としている。
永禄元年（１５５８年）第２２代明智が隣村に一宇を建立し、明林寺(みょうりんじ)（下海老町）の開基となる。

員弁郡石榑村に照光寺(しょうこうじ)（中本山：浄蓮寺など２２か寺が所属）があり、開基澄念(ちょうねん)（俗姓平重盛四代の孫盛綱(もりつな)の四男長崎四郎照光(てるみつ)）が祖先平重盛公（桓武(かんむ)天皇の末孫小松内府）の供養塔を当山境内に建立した。碑表に平重盛の法名「淨蓮(じょうれん)大居士(だいこじ)」とあり、第２３代明賢(みょうけん)は本堂再建の際、礎石の下に埋めて万世の供養とした。

 明賢は「淨蓮大居士」の由緒により薬王寺を「浄蓮寺」に改めることを再三本山に乞うたが、宿志を果たさず入寂、没後３０年を経た寛永１８年（１６４１年）７月漸く良如(りょうにょ)宗主から木仏、寺号を許された。以来「御館山薬王院浄蓮寺」と号したが、開山の由来から現在では「薬王院御館山浄蓮寺」と号している。

　　浄蓮寺は累代高僧が続き、幕末期の住職の娘が明治天皇祐宮(さちのみや)の御乳人として宮中に召された。
その任を無事果たして帰還する際には、祐宮御愛用の御太刀のほか多くの玩具などが下賜された。これらの品は後に伊勢神宮徴古館(ちょうこかん)に寄贈し現在も収蔵されている。

   浄蓮寺の本堂は、天正(てんしょう)３年（１５７５年）６月６日織田信長の兵火に遭い建立されたがその後数次（万治２年、元禄１５年、文政２年及び安政２年）にわたって再建されている。現在の本堂は、明治１５年（１８８２年）に再建されたものである。その後大正８年（１９１９年）と昭和５８年（１９８３年）には屋根の大修復を行った。さらに、平成１２年（２０００年）には内陣の修復も終わり現在に至っている。　　

※　薬師如来は、天武天皇の危急を救った菟田郡(うだぐん)（現在の奈良県宇陀(けんうだ)郡大宇陀町）の石水盤から彫り上げた勅作の石八躰薬師像の一躰と伝えられており、平成１２年７月境内南東の位置に有志によって再建された薬師堂に、前仏像とともに安置されている。